顕彰館内の収蔵庫の面積は約120平方メートルで、蔵書・資料保存整理用の棚約300、抽斗(引き出し)320、標本類保存整理用の棚40、マープケース(抽斗棚)13、隣接の予備室(約26平方メートル)は資料調査室に利用される。
蔵書は、洋書1762冊、中国書230冊、和古書323冊、和書1497冊で、全3812冊。資料として、直筆資料628点、原稿1247点、書簡145点、来簡5714点、関係資料(写本・書画・写真等)2066点、雑誌・抜刷807点、新聞切抜2164点で、全12771点を収蔵している。

　全所蔵資料にID番号(通し番号)を付与し、収蔵庫内書架の棚部分に「南方熊楠邸蔵書目録」記載資料を、(1)中国書、(2)和古書(和綴)、(3)和書(洋装)、(4)洋書の順に配架し、「南方熊楠邸資料目録」記載資料の直筆資料等については、主に引き出し部分に納めている。