平成18年度
●月例展
第1回月例展　6月の熊楠
第2回月例展　7月の熊楠
第3回月例展　8月の熊楠
第4回月例展　9月の熊楠
第5回月例展　10月の熊楠
第6回月例展　11月の熊楠
第7回月例展　12、1月の熊楠
第8回月例展　2月の熊楠
第9回月例展　3月の熊楠
第10回月例展　4、5月の熊楠

●特別企画展
第1回特別企画展　寄贈・寄託資料展<書簡編>
第2回特別企画展　さとがえり展「森羅万象の探求者　南方熊楠」

平成19年度
●月例展
第11回月例展　熊楠とゆかりの地①「稲荷神社の森」
第12回月例展　熊楠とゆかりの地②「ひき岩群」
第13回月例展　熊楠とゆかりの地③「神島」
第14回月例展　熊楠とゆかりの地④「白浜」
第15回月例展　熊楠とゆかりの地⑤「奇絶峡」
第16回月例展　熊楠とゆかりの地⑥「闘雞神社の森」
第17回月例展　熊楠とゆかりの地⑦「兵生」

●特別企画展
第3回特別企画展　寄贈・寄託資料展「熊楠と田辺周辺の人々　-残された書簡等に見られる交流より-」
第4回特別企画展　熊野無花植物　-南方熊楠の生物・生態学関連資料の紹介と研究報告-

平成20年度
●月例展
第18回月例展　熊楠とゆかりの人びと第1回「中山雲表」
第19回月例展　熊楠とゆかりの人びと第2回「妻木直良」
第20回月例展　熊楠とゆかりの人びと第3回「川島友吉（草堂）」
第21回月例展　熊楠とゆかりの人びと第4回「宇井縫蔵」

●特別企画展
第5回特別企画展　南方熊楠と小畔四郎　-新規寄贈資料を中心に-
第6回特別企画展　南方熊楠と高野山　-少年熊楠が見た高野山-

平成21年度
●月例展
第22回月例展　熊楠とゆかりの人びと第5回「雑賀貞次郎」
第23回月例展　熊楠とゆかりの人びと第6回「楠本秀男（龍仙）」
第24回月例展　熊楠とゆかりの人びと第7回「田上次郎吉・茂八」
第25回月例展　熊楠とゆかりの人びと第8回「杉村楚人冠（広太郎）」

●特別企画展
第7回特別企画展　牧野富太郎と南方熊楠
第8回特別企画展　南方熊楠と牟婁新報

平成22年度
●月例展
第26回月例展　熊楠とゆかりの人びと第9回「野口利太郎」
第27回月例展　熊楠とゆかりの人びと第10回「リスター父娘」
第28回月例展　熊楠とゆかりの人びと第11回「高木敏雄」
第29回月例展　熊楠とゆかりの人びと第12回「平田寿男」

●企画展
残響の熊野PartⅡ　・・・熊楠がすれ違った風景の現在」

●特別企画展
第9回特別企画展　南方熊楠の自由研究　『キノコと変形菌・・・』
第10回特別企画展　神島

平成23年度
●月例展
第30回月例展　熊楠とゆかりの人びと第13回「広畠父子、岩吉（油吉）と幾太郎（鋤和）」
第31回月例展　熊楠とゆかりの人びと第14回「大江喜一郎」
第32回月例展　熊楠とゆかりの人びと第15回「鳥山啓」
●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　當る辰歳「田原藤太竜宮入りの譚」

●特別企画展
第11回特別企画展　南方熊楠のアメリカ時代
第12回特別企画展　白井光太郎と南方熊楠

平成24年度
●月例展
第33回月例展　熊楠とゆかりの人びと第16回「喜多幅武三郎」
第34回月例展　熊楠とゆかりの人びと第17回「フレデリック・V・ディキンズ」
第35回月例展　熊楠とゆかりの人びと第18回「榎本宇三郎・幸治」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　十二支考巳年　蛇も長いが、熊楠の話も長いゾ

●特別企画展
第13回特別企画展　クマグス先生の変形菌教室
第14回特別企画展　南方熊楠と同級生たち

平成25年度
●月例展
第36回月例展　熊楠とゆかりの人びと第19回「音窪熊助」
第37回月例展　熊楠とゆかりの人びと第20回「徳川頼倫」
第38回月例展　熊楠とゆかりの人びと第21回「西面欽一郎・賢輔兄弟」

●企画展
資料受贈記念　楠本龍仙リバイバル展
新春吉例　「十二支考」輪読　馬に関する民俗と伝説

●特別企画展
第15回特別企画展　熊楠と海
第16回特別企画展　和漢三才図会

平成26年度
●月例展
第39回月例展　熊楠とゆかりの人びと第22回「野長瀬忠男・弘男（晩花）兄弟」
第40回月例展　熊楠とゆかりの人びと第23回「芳賀矢一」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　羊に関する民俗と伝説
熊楠と猫

●特別企画展
第17回特別企画展　「南方熊楠と熊野古道」-標本でだどる『南方二書』-
第18回特別企画展　南方熊楠と真言密教

平成27年度
●月例展
第41回月例展　熊楠とゆかりの人びと第24回「多屋謙吉」
第42回月例展　熊楠とゆかりの人びと第25回「寺石正路」
第43回月例展　熊楠とゆかりの人びと第26回「中村古峡」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　猴に関する民俗と伝説

●特別企画展
第19回特別企画展　田辺湾の生物
第20回特別企画展　ロンドン時代の南方熊楠

平成28年度
●月例展
第44回月例展　熊楠とゆかりの人びと第27回「チャールズ・リード」
第45回月例展　熊楠とゆかりの人びと第28回「孫文」
第46回月例展　熊楠とゆかりの人びと第29回「中山太郎」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　鶏に関する民俗と伝説
サンティアゴ巡礼道と熊野古道

●特別企画展
第21回特別企画展　熊楠と熊野の妖怪
第22回特別企画展　熊楠と神秘主義

平成29年度
●月例展
第47回月例展　熊楠とゆかりの人びと第30回「正岡子規」
第48回月例展　熊楠とゆかりの人びと第31回「夏目漱石」
第49回月例展　熊楠とゆかりの人びと第32回「宮武外骨」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　犬に関するフォークロアと南方熊楠

●特別企画展
第23回特別企画展　標本から読み解く南方熊楠
第24回特別企画展　南方熊楠と和歌山の食文化

平成30年度
●月例展
第50回月例展　熊楠とゆかりの人びと第33回「江聖聡」
第51回月例展　熊楠とゆかりの人びと第34回「宮武省三」
第52回月例展　熊楠とゆかりの人びと第35回「田中長三郎」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　－猪に関する民俗と伝説－

●特別企画展
第25回特別企画展　南方熊楠　－100年早かった智の人－

令和元年度
●月例展
第53回月例展　熊楠とゆかりの人びと第36回「スウィングル」
第54回月例展　熊楠とゆかりの人びと第37回「北島脩一郎」
第55回月例展　熊楠とゆかりの人びと第38回「今井三子」

●企画展
新春吉例　「十二支考」輪読　十二支考＜鼠＞談義

●特別企画展
第26回特別企画展　南方熊楠と鬪雞神社
第27回特別企画展　熊楠の庭　（関連展示：「犬からみた人類史」紀州編）

令和２年度
●月例展
第57回月例展　ミナカテラ100周年
第58回月例展　熊楠とゆかりの人びと 第40回「本山桂川」

●企画展
物語のなかの南方熊楠～小説・マンガ・映画・音楽～
新春吉例「十二支考」輪読　書かれなかった十二支考「丑」

●特別企画展
第28回特別企画展　熊楠のシダ植物研究～江戸園芸から近代植物学へ～
第29回特別企画展　腹稿の世界

令和３年度
●月例展
第59回月例展　熊楠とゆかりの人びと 第41回「中瀬喜陽」
第60回月例展　熊楠とゆかりの人びと 第42回「巽孝之丞と横浜正金銀行の人々」（紀の国わかやま文化祭2021 特別連携事業）
第61回月例展　南方植物研究所計画100年

●企画展
第14回企画展　新春吉例「十二支考」輪読　寅年に考える南方熊楠研究の過去・現在・未来

●特別企画展
第30回特別企画展　南方二書の生物～熊楠のレッドリストの今～
第31回特別企画展　熊楠の日記を読む―昭和の熊楠の生活と田辺の町（昭和6～13年）

令和4年度
●月例展
第61回月例展　南方植物研究所計画100年　再展示
第62 回月例展　熊楠とゆかりの人びと第43 回「A・W・フランクス」（きのくに文化月間連携事業）
第63回月例展　熊楠とゆかりの人びと　第44回「熊楠のライバル 佐藤彦四郎：『Ｎ＆Ｑ』誌上で熊楠に論争を挑んだロンドン在住日本人」

●企画展
第15回企画展　新春吉例「十二支考」輪読　兎に関する民俗と伝説

●特別企画展
第32回特別企画展　南方熊楠とこどものための図鑑ー科学から幻獣・魔法使いまでー
第33回特別企画展　青木梅岳～熊弥さんの藤白での療養を支えた画家～（南方熊楠顕彰館・田辺市立美術館連携事業）

令和5年度
●企画展
2023年企画展Ⅰ　熊楠とゆかりの人びと第45回「牧野富太郎と南方熊楠」
2023年企画展Ⅱ「昭和6、7 年の日記から読み取れる南方熊楠の生物研究」（きのくに文化月間連携事業）
2023年企画展Ⅲ「新春吉例「十二支考」輪読　龍とは何か」

●特別企画展
2023年夏期特別企画展　こどものための図鑑２―クマグスさんとふしぎな動物たち
2024年春期特別企画展「入監中の南方熊楠　1910年の拘置をめぐって」

令和6年度
●企画展
2024年企画展Ⅰ「熊楠と熊野古道の植物」（「紀伊山地の霊場と参詣道」世界遺産登録20周年記念）
2024年度企画展Ⅱ「日記から読み取れる南方熊楠の生活」（きのくに文化月間連携事業）
2024年企画展Ⅲ「新春吉例「十二支考」輪読 ツチノコと南方熊楠の 知的ネットワーク」

●特別企画展
2024年夏期特別企画展「熊野古道の神仏と南方熊楠」（「紀伊山地の霊場と参詣道」世界遺産登録20周年記念）