南方マンダラと呼ばれる図は、主に二つあり、いずれも後に高野山真言宗管長となる土宜法龍に宛てた書簡の中に描かれている図である。
　一つは、1903年7月18日付書簡の中に描かれており、真言密教のマンダラの思想をヒントにして、それを自身の思想に読みかえて絵図を交えて説明したものである。熊楠はこの図について、「この世間宇宙は、天は理なりといえるごとく（理はすじみち）、図のごとく（図は平面にしか画きえず。実は長、幅の外に、厚さもある立体のものと見よ）、前後左右上下、いずれの方よりも事理が透徹して、この宇宙を成す。その数無尽なり。故にどこ一つとりでも、それを敷衍追及するときは、いかなることをもなしうるようになっておる」と解説している。
　もう一つは、1903年8月8日付書簡の中に描かれており、熊楠が「小生の曼陀羅」と呼んだ、真言密教でいわれる両界（金剛界・胎蔵界）マンダラの発想をもとに描かれた絵図である。熊楠は、この両界マンダラを記し、金剛界大日如来の心より物が生じ、その心と物がお互いに反応し合うことで、さらに事が発生し、さらにはそれが名・印といったかたちに生成していく複雑な現象を説明している。