田辺市が進める南方熊楠顕彰事業の運営母体として、「南方熊楠邸保存顕彰会」が1987（昭和62）年6月発足。南方熊楠邸の保存管理と南方熊楠の学業の成果を顕彰することを目的に十数年にわたり「南方熊楠賞」「南方を訪ねて」をはじめ、熊楠の研究業績や実像を紹介する取り組み、南方邸に遺され た蔵書・研究資料の調査研究や整理保存を行うなどの顕彰事業の運営を担ってきました。
　南方熊楠顕彰館の開館（2006（平成18）年5月）に伴い、継続性・発展性のある顕彰・研究に取り組むことができるよう、目的を「熊楠翁とその学問的業績に関心を寄せる者及び調査研究する者が交流し、相互に理解を深めるとともに、熊楠翁を広く顕彰すること」と規約を改め、名称も「南方熊楠顕彰会」に変更しました。
　また、会員制を導入し新たに広く会員を募ることで、熊楠に関心のある方や市民の皆様から研究者まで幅広い会員により構成される新体制となり、組織が活性化され、活力的に顕彰活動を展開することができるようになりました。