平成18年度
●月例展
第1回月例展 6月の熊楠
第2回月例展 7月の熊楠
第3回月例展 8月の熊楠
第4回月例展 9月の熊楠
第5回月例展 10月の熊楠
第6回月例展 11月の熊楠
第7回月例展 12、1月の熊楠
第8回月例展 2月の熊楠
第9回月例展 3月の熊楠
第10回月例展 4、5月の熊楠
●特別企画展
第1回特別企画展 寄贈・寄託資料展<書簡編>
第2回特別企画展 さとがえり展「森羅万象の探求者 南方熊楠」
平成19年度
●月例展
第11回月例展 熊楠とゆかりの地①「稲荷神社の森」
第12回月例展 熊楠とゆかりの地②「ひき岩群」
第13回月例展 熊楠とゆかりの地③「神島」
第14回月例展 熊楠とゆかりの地④「白浜」
第15回月例展 熊楠とゆかりの地⑤「奇絶峡」
第16回月例展 熊楠とゆかりの地⑥「闘雞神社の森」
第17回月例展 熊楠とゆかりの地⑦「兵生」
●特別企画展
第3回特別企画展 寄贈・寄託資料展「熊楠と田辺周辺の人々 -残された書簡等に見られる交流より-」
第4回特別企画展 熊野無花植物 -南方熊楠の生物・生態学関連資料の紹介と研究報告-
平成20年度
●月例展
第18回月例展 熊楠とゆかりの人びと第1回「中山雲表」
第19回月例展 熊楠とゆかりの人びと第2回「妻木直良」
第20回月例展 熊楠とゆかりの人びと第3回「川島友吉(草堂)」
第21回月例展 熊楠とゆかりの人びと第4回「宇井縫蔵」
●特別企画展
第5回特別企画展 南方熊楠と小畔四郎 -新規寄贈資料を中心に-
第6回特別企画展 南方熊楠と高野山 -少年熊楠が見た高野山-
平成21年度
●月例展
第22回月例展 熊楠とゆかりの人びと第5回「雑賀貞次郎」
第23回月例展 熊楠とゆかりの人びと第6回「楠本秀男(龍仙)」
第24回月例展 熊楠とゆかりの人びと第7回「田上次郎吉・茂八」
第25回月例展 熊楠とゆかりの人びと第8回「杉村楚人冠(広太郎)」
●特別企画展
第7回特別企画展 牧野富太郎と南方熊楠
第8回特別企画展 南方熊楠と牟婁新報
平成22年度
●月例展
第26回月例展 熊楠とゆかりの人びと第9回「野口利太郎」
第27回月例展 熊楠とゆかりの人びと第10回「リスター父娘」
第28回月例展 熊楠とゆかりの人びと第11回「高木敏雄」
第29回月例展 熊楠とゆかりの人びと第12回「平田寿男」
●企画展
残響の熊野PartⅡ ・・・熊楠がすれ違った風景の現在」
●特別企画展
第9回特別企画展 南方熊楠の自由研究 『キノコと変形菌・・・』
第10回特別企画展 神島
平成23年度
●月例展
第30回月例展 熊楠とゆかりの人びと第13回「広畠父子、岩吉(油吉)と幾太郎(鋤和)」
第31回月例展 熊楠とゆかりの人びと第14回「大江喜一郎」
第32回月例展 熊楠とゆかりの人びと第15回「鳥山啓」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 當る辰歳「田原藤太竜宮入りの譚」
●特別企画展
第11回特別企画展 南方熊楠のアメリカ時代
第12回特別企画展 白井光太郎と南方熊楠
平成24年度
●月例展
第33回月例展 熊楠とゆかりの人びと第16回「喜多幅武三郎」
第34回月例展 熊楠とゆかりの人びと第17回「フレデリック・V・ディキンズ」
第35回月例展 熊楠とゆかりの人びと第18回「榎本宇三郎・幸治」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 十二支考巳年 蛇も長いが、熊楠の話も長いゾ
●特別企画展
第13回特別企画展 クマグス先生の変形菌教室
第14回特別企画展 南方熊楠と同級生たち
平成25年度
●月例展
第36回月例展 熊楠とゆかりの人びと第19回「音窪熊助」
第37回月例展 熊楠とゆかりの人びと第20回「徳川頼倫」
第38回月例展 熊楠とゆかりの人びと第21回「西面欽一郎・賢輔兄弟」
●企画展
資料受贈記念 楠本龍仙リバイバル展
新春吉例 「十二支考」輪読 馬に関する民俗と伝説
●特別企画展
第15回特別企画展 熊楠と海
第16回特別企画展 和漢三才図会
平成26年度
●月例展
第39回月例展 熊楠とゆかりの人びと第22回「野長瀬忠男・弘男(晩花)兄弟」
第40回月例展 熊楠とゆかりの人びと第23回「芳賀矢一」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 羊に関する民俗と伝説
熊楠と猫
●特別企画展
第17回特別企画展 「南方熊楠と熊野古道」-標本でだどる『南方二書』-
第18回特別企画展 南方熊楠と真言密教
平成27年度
●月例展
第41回月例展 熊楠とゆかりの人びと第24回「多屋謙吉」
第42回月例展 熊楠とゆかりの人びと第25回「寺石正路」
第43回月例展 熊楠とゆかりの人びと第26回「中村古峡」
●特別企画展
第19回特別企画展 田辺湾の生物
第20回特別企画展 ロンドン時代の南方熊楠
平成28年度
●月例展
第44回月例展 熊楠とゆかりの人びと第27回「チャールズ・リード」
第45回月例展 熊楠とゆかりの人びと第28回「孫文」
第46回月例展 熊楠とゆかりの人びと第29回「中山太郎」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 鶏に関する民俗と伝説
サンティアゴ巡礼道と熊野古道
●特別企画展
第21回特別企画展 熊楠と熊野の妖怪
第22回特別企画展 熊楠と神秘主義
平成29年度
●月例展
第47回月例展 熊楠とゆかりの人びと第30回「正岡子規」
第48回月例展 熊楠とゆかりの人びと第31回「夏目漱石」
第49回月例展 熊楠とゆかりの人びと第32回「宮武外骨」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 犬に関するフォークロアと南方熊楠
●特別企画展
第23回特別企画展 標本から読み解く南方熊楠
第24回特別企画展 南方熊楠と和歌山の食文化
平成30年度
●月例展
第50回月例展 熊楠とゆかりの人びと第33回「江聖聡」
第51回月例展 熊楠とゆかりの人びと第34回「宮武省三」
第52回月例展 熊楠とゆかりの人びと第35回「田中長三郎」
●企画展
新春吉例 「十二支考」輪読 -猪に関する民俗と伝説-
●特別企画展
第25回特別企画展 南方熊楠 -100年早かった智の人-
令和元年度
●月例展
第53回月例展 熊楠とゆかりの人びと第36回「スウィングル」
第54回月例展 熊楠とゆかりの人びと第37回「北島脩一郎」
第55回月例展 熊楠とゆかりの人びと第38回「今井三子」
●特別企画展
第26回特別企画展 南方熊楠と鬪雞神社
第27回特別企画展 熊楠の庭 (関連展示:「犬からみた人類史」紀州編)
令和2年度
●月例展
第57回月例展 ミナカテラ100周年
第58回月例展 熊楠とゆかりの人びと 第40回「本山桂川」
●企画展
物語のなかの南方熊楠~小説・マンガ・映画・音楽~
新春吉例「十二支考」輪読 書かれなかった十二支考「丑」
●特別企画展
第28回特別企画展 熊楠のシダ植物研究~江戸園芸から近代植物学へ~
第29回特別企画展 腹稿の世界
令和3年度
●月例展
第59回月例展 熊楠とゆかりの人びと 第41回「中瀬喜陽」
第60回月例展 熊楠とゆかりの人びと 第42回「巽孝之丞と横浜正金銀行の人々」(紀の国わかやま文化祭2021 特別連携事業)
第61回月例展 南方植物研究所計画100年
●企画展
第14回企画展 新春吉例「十二支考」輪読 寅年に考える南方熊楠研究の過去・現在・未来
●特別企画展
第30回特別企画展 南方二書の生物~熊楠のレッドリストの今~
第31回特別企画展 熊楠の日記を読む―昭和の熊楠の生活と田辺の町(昭和6~13年)
令和4年度
●月例展
第61回月例展 南方植物研究所計画100年 再展示
第62 回月例展 熊楠とゆかりの人びと第43 回「A・W・フランクス」(きのくに文化月間連携事業)
第63回月例展 熊楠とゆかりの人びと 第44回「熊楠のライバル 佐藤彦四郎:『N&Q』誌上で熊楠に論争を挑んだロンドン在住日本人」
●企画展
第15回企画展 新春吉例「十二支考」輪読 兎に関する民俗と伝説
●特別企画展
第32回特別企画展 南方熊楠とこどものための図鑑ー科学から幻獣・魔法使いまでー
第33回特別企画展 青木梅岳~熊弥さんの藤白での療養を支えた画家~(南方熊楠顕彰館・田辺市立美術館連携事業)
令和5年度
●企画展
2023年企画展Ⅰ 熊楠とゆかりの人びと第45回「牧野富太郎と南方熊楠」
2023年企画展Ⅱ「昭和6、7 年の日記から読み取れる南方熊楠の生物研究」(きのくに文化月間連携事業)
2023年企画展Ⅲ「新春吉例「十二支考」輪読 龍とは何か」
●特別企画展
2023年夏期特別企画展 こどものための図鑑2―クマグスさんとふしぎな動物たち
2024年春期特別企画展「入監中の南方熊楠 1910年の拘置をめぐって」
令和6年度
●企画展
2024年企画展Ⅰ「熊楠と熊野古道の植物」(「紀伊山地の霊場と参詣道」世界遺産登録20周年記念)
2024年度企画展Ⅱ「日記から読み取れる南方熊楠の生活」(きのくに文化月間連携事業)
●特別企画展
2024年夏期特別企画展「熊野古道の神仏と南方熊楠」(「紀伊山地の霊場と参詣道」世界遺産登録20周年記念)